Auf den Inseln finden sich ausgeprägte Dünenlandschaften von Sanddünen, deren teilweise künstlich geförderter Bewuchs - hauptsächlich Strandhafer - das Wandern, das heißt den Abtrag mit nachfolgender Neuentstehung an anderer Stelle und somit die Verlagerung verhindern soll.
Zwischen den Inseln und dem Festland befindet sich das Wattenmeer, ein einzigartiges Biotop, das seine Entstehung den Gezeiten verdankt indem es bei Ebbe weitgehend trocken fällt, bei Flut dagegen völlig unter Wasser liegt. Das Wattenmeer ist durchzogen von Prielen, über die das Wasser ab- oder zuströmt.
An vielen Stellen folgen dem Watt Salzwiese, die nur noch gelegentlich bei besonders hohem Wasserstand ganz oder teilweise überflutet werden. Auch diese bilden einen ganz eigenen Lebensraum, der besonders durch eine eigenwillige Pflanzengesellschaft geprägt ist, deren Pionierpflanze der Queller ist.
Vor etwa 1000 Jahren begannen die Menschen, sich durch Deiche gegen die Nordseefluten zu schützen. Dennoch kam es im Zuge großer Flutkatastrophen immer wieder zu teilweise erheblichen Landverlusten. Im Gegenzug begannen die Menschen schon bald, Neuland aus dem Meer zu gewinnen. Es entstanden sogenannte Polder.
Der Küstenraum des Festlandes ist Marschland, das weiter landeinwärts in Niedermoore, Geest und Hochmoore übergeht.
An Hochmooren zu nennen ist insbesondere das Gebiet um das Ewige Meer bei der Ortschaft Eversmeer. Zahlreiche weitere Flächen, die Reste der ehemals großen Hochmoore darstellen, und darin gelegene kleinere Seen wie z. B. das Lengener Meer sind heute ebenfalls Schutzgebiete. In jüngerer Zeit wurde vielfach durch Wiedervernässungsmaßnahmen der ursprüngliche Charakter annähernd zurückgewonnen, nachdem diese Flächen über lange Zeit wegen ihrer Insellage inmitten von Kulturland stark entwässert und anschließend verbuscht waren.
Die Altmoränenlandschaft der Geest zeichnet sich durch vorwiegend sandiges Geschiebematerial der Saaleeiszeit aus und ist heute weitgehend als land- oder (in geringem Umfang) forstwirtschaftliche Fläche kultiviert.
Nach Auflösung der Allmende entstand dank der den Bauern auferlegten Pflicht, ihre Parzellen abzugrenzen und das Ausbrechen des Weideviehs zu verhindern, die typische Wallheckenlandschaft mit kleinen Weideflächen, die von busch- und baumbestandenen Erdwällen umgeben sind, deren Zugangsöffnungen mit den ebenso typischen grob gezimmerten Holztoren (Platt: hek) verschlossen werden.
Heutzutage finden sich in Ostfriesland auch Wald- und Forstgebiete. In früherer Zeit dagegen waren größere geschlossene Waldbestände dort weitgehend unbekannt.
Weiterhin gibt es in Ostfriesland eine größere Anzahl natürlicher (Niedermoor-)Seen, deren größter das „Große Meer“ bei Bedekaspel, Gemeinde Südbrookmerland, ist.
